船用空調制冷系統常用的有風冷型機房專用空調系統和水冷型機房專用空調系統，還有一種是冷凍水型機房專用空調系統。
風冷型機房專用空調是使用空氣作為傳熱媒介，是最常見的數據中心機房專用空調方案，它屬于直接膨脹制冷方式。水冷型機房專用空調的內部結構與風冷型空調相似，不同的是增加了一套板式換熱器，實現冷卻水與制冷劑的熱交換，冷卻水由冷卻水塔或者干冷器制冷。而越來越多的大型數據中心采用冷凍機組+機房空調單元方式制冷的這種方式稱之為冷凍水型機房專用空調。
這三種常用的專用空調系統的工作原理和特點也大不相同。風冷型機房專用空調系統的工作原理是由室外冷凝器通過室外空氣冷卻制冷劑，將其變為常溫高壓液體；經過膨脹閥后，制冷劑變為低溫低壓氣液混合物后進入蒸發器；在蒸發器內，制冷劑與室內空氣熱交換，帶走室內空氣熱量，制冷劑則變為高溫低壓氣體再進人壓縮機；壓縮機將制冷劑壓縮成高溫高壓氣體，送入冷凝器冷卻。整個制冷循環在一個封閉系統內，將室內的熱負荷轉移到室外空氣中。水冷型機房專用空調的工作原理是通過冷卻水管加水泵的方式，管道距離大大加長；可集中采用冷卻水塔或干冷器，不必為每臺空調機組配置室外冷凝器。在某些空間受限制的場合，水冷型機房專用空調可以很好地解決相關矛盾。冷凍水型機房專用空調的工作原理是將冷凍水直接引人，通過冷凍水盤管將機房熱負荷傳遞到冷凍水系統內。為提高空調機組的安全性和可靠性，往往在空調機組內安裝兩套獨立的冷凍水盤管和 控制閥門，連接兩套獨立的冷凍水系統。可是水冷型空調自帶壓縮機組，這是它與冷凍水型機房空調的******區別。